Jednostki naukowo-badawcze
- Ośrodek Badań nad Tradycją Antyczną (OBTA)
- Komisja Antropologii Historii
- Komisja „Bałkańskie Śródziemnomorze"
- Komisja do Badań nad Reformacją w Polsce i Europie Środkowo-Wschodniej
- Komisja „Egipt i świat śródziemnomorski"
- Komisja Kultury Staropolskiej
- Komisja „Limes i antemurale”
- Komisja Niderlandzka
- Komisja „Odkrywanie Europy”
- Komisja „Prawo – kultura w dziejach”
- Komisja „Speculum Byzantinum"
- Laboratorium Kontaktów Językowych na Obszarze I Rzeczpospolitej
- Laboratorium Leksykograficzne ks. Alojzego Osińskiego
- Laboratorium Litewsko-Białoruskie
- Laboratorium „Paideia - humanizm polski - dziedzictwo i współczesność"
- Laboratorium Sofia Casanova
- Laboratorium „Spotkania Starego i Nowego Świata"
- Laboratorium Semiotyczne
- Międzywydziałowy Zespół Komparatystyki
- Pracownia „Catedra Tre Corone"
- Pracownia Edytorstwa Źródeł
- Pracownia Studiów Helleńskich
- Zespół Filhelleński